一、放贷主体、担保单位与担保方式的不同
商业贷款的放贷主体是各商业银行，而公积金贷款的放贷主体则是公积金管理中心。
为商业贷款提供阶段性担保的单位一般是房地产经纪机构，即中介公司，中介公司给申请商业贷款的个人做的是阶段性担保。
住房公积金管理机构发放的住房抵押贷款的对象是住房公积金的交存人和汇交单位的离退休职工.
二、贷款申请的条件不同
公积金必须满足的条件：
1、持续缴存6个月住房公积金贷款或已累计缴存24个月以上且目前还在继续缴存。
2、具有稳定的职业和收入，有偿还贷款本息的能力。
3、具有购买住房的合同或有关证明文件。
4、提供住房资金管理中心及所属分中心同意的担保方式。
5、符合住房资金管理中心规定的其他条件。
而在申请商业贷款时则没有此项硬性规定。
三、放贷时间不同
普通商业贷款最快的在过户当天就能够放贷，较慢的也只需要15个工作日左右的时间；而公积金贷款需等过户后拿到房产证，并做完房产抵押登记后才能放贷，如
此一来，放贷时间较长，大概需要两个月的时间才能拿到贷款。对于那些急于卖房套现的业主而言，买房人如果选择用公积金贷款买房则意味休想尽早拿钱。
四、抵押权人不同
普通商业贷款，申请人是将房产抵押给银行，即抵押给放贷方；而公积金贷款则是由申请人将房产抵押给住房担保中心，即抵押给担保方。
五、贷款利率不同
商业贷款基准利率7.05%；而公积金贷款的利率相对较低4.9%；两者相差2个多百分点。利率比商业贷款低是公积金贷款唯一的优势。一般的金融机构发放的住房抵押贷款的最高贷款额不得超过购房款的80％。
六、公积金贷款比商业贷款多了评估费。商业贷款不需要评估，但用公积金贷款购买商品房，目前必须进行评估，交纳评估费。商业贷款比公积金贷款多了律师费。商业贷款委托律师事务所对借款人进行资信调查，律师收取4‰的律师费，公积金贷款则不需个人交纳律师费。 | 
